研發(fā)費用加計扣除與高新企業(yè)認定之間存在著這樣的辯證關系：能加計扣除的企業(yè)不一定是高新技術企業(yè)，但高新技術企業(yè)必然有研發(fā)費加計扣除項目。
由于高新企業(yè)同時享受加計扣除的優(yōu)惠，兩者的歸集口徑容易就混淆了。高新技術企業(yè)的研發(fā)費用范圍一般大于研發(fā)費加計扣除的范圍。
比如說折舊費，對于建筑物的折舊費不能加計扣除，而高新可以。對于經營租賃費加計扣除只允許用于研發(fā)的儀器、設備租賃費，廠房不可以加計，而高新可以。
高新研發(fā)費用包括裝備調試費用，田間實施費，加計扣除不包括。高新研發(fā)費用包括通訊費，加計扣除也不包括。委托研發(fā)的，高新包括委托境內外研發(fā)，而加計扣除只能是委托境內機構或個人。其他相關費用高新規(guī)定不得超過研究開發(fā)總費用的20%，而加計扣除規(guī)定是不得超過10%。
高新的研發(fā)費用口徑不包括職工福利費，補充養(yǎng)老和補充醫(yī)療保險，而研發(fā)費用加計扣除可以。對研發(fā)人員的定義，高新研發(fā)費用只要是企業(yè)科技人員都可歸集，加計扣除必須是直接從事研發(fā)活動的人員。不過，對科技人員，高新要求累計實際工作時間在183天以上，而加計扣除沒有這個要求。
共有8個不同點
一、研發(fā)活動及研發(fā)費用歸集范圍
允許加計扣除的研發(fā)費用。
企業(yè)開展研發(fā)活動中實際發(fā)生的研發(fā)費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按規(guī)定據實扣除的基礎上，按照本年度實際發(fā)生額的50%，從本年度應納稅所得額中扣除;形成無形資產的，按照無形資產成本的150%在稅前攤銷。研發(fā)費用的具體范圍包括：
1
人員人工費用
直接從事研發(fā)活動人員的工資薪金、基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費和住房公積金，以及外聘研發(fā)人員的勞務費用。
2
直接投入費用
(1)研發(fā)活動直接消耗的材料、燃料和動力費用。
(2)用于中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發(fā)及制造費，不構成固定資產的樣品、樣機及一般測試手段購置費，試制產品的檢驗費。
(3)用于研發(fā)活動的儀器、設備的運行維護、調整、檢驗、維修等費用，以及通過經營租賃方式租入的用于研發(fā)活動的儀器、設備租賃費。
3
折舊費用
用于研發(fā)活動的儀器、設備的折舊費。
4
無形資產攤銷
用于研發(fā)活動的軟件、專利權、非專利技術(包括許可證、專有技術、設計和計算方法等)的攤銷費用。
5
新品設計費用
新產品設計費、新工藝規(guī)程制定費、新藥研制的臨床試驗費、勘探開發(fā)技術的現場試驗費。
6
其他相關費用
與研發(fā)活動直接相關的其他費用，如技術圖書資料費、資料翻譯費、專家咨詢費、高新科技研發(fā)保險費，研發(fā)成果的檢索、分析、評議、論證、鑒定、評審、評估、驗收費用，知識產權的申請費、注冊費、代理費，差旅費、會議費等。此項費用總額不得超過可加計扣除研發(fā)費用總額的10%。
7
財政部和稅務總局規(guī)定的其他費用
二、研發(fā)費用補貼申報標準
1.在深圳市依法注冊、具有獨立法人資格的企業(yè)，或深汕特別合作區(qū)內的深圳企業(yè);
2.按照國家稅務總局《關于企業(yè)研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策有關問題的公告》(國家稅務總局公告2015年第97號)要求對研發(fā)費用進行歸集并設置輔助賬;
3.銷售收入2000萬元及以上的企業(yè)應建立了內部研發(fā)機構;
4.企業(yè)開展的研發(fā)活動應符合《國家重點支持的高新技術領域》所規(guī)定的范圍。
很多做了加計扣除的企業(yè)、或者做了國高的企業(yè)均未享受到研發(fā)資助。具體原因存在幾種情況：
一、辦理了加計扣除優(yōu)惠備案的企業(yè)
1.沒有填報科技統計報表的企業(yè)。將取消今年的資助資格。做好明年的填報工作，可享受明年的研究開發(fā)資助;
2.填報了科技統計報表的企業(yè)。但由于企業(yè)填報質量問題，導致國家統計局核定的研發(fā)投入為0，沒有研發(fā)機構。請企業(yè)認真查找原因，找不到原因的，請與統計部門聯系，幫助查找，明年填報時認真整改。否則，將會影響明年的資助。
3.連續(xù)兩年存在科創(chuàng)委的數據與報國家統計報表數據誤差超出正常范圍的企業(yè)。市科創(chuàng)委將與市統計局相商進行處理。
二、未辦理加計扣除優(yōu)惠備案的企業(yè)
待評審結束后，公布結果。(申報企業(yè)必須辦理加計扣除優(yōu)惠備案，以在稅務部門備案的研發(fā)支出數計算資助金額。)
